La leyenda dice que el enigmático Millennium Puzzle concederá un deseo a quien decida sus antiguos secretos. Al resolverlo, el estudiante de secundaria Yuugi Mutou desata «otro Yuugi», una presencia peculiar contenida en su interior. Ahora, cada vez que se enfrenta a un dilema, este alter ego misterioso aparece y lo ayuda en sus problemas.
Deseando desentrañar el misterio detrás de este extraño espíritu, Yuugi y sus compañeros se encuentran compitiendo con varios oponentes en «Duel Monsters», un desafiante juego de cartas utilizado por personas que buscan robar el Rompecabezas del Milenio en un intento desesperado por aprovechar el gran poder interno. A medida que se acumulan las preguntas, no pasa mucho tiempo antes de que descubran que hay más que orgullo en la línea en estos duelos.
